明智小五郎が活躍するのはハッキングやサイバーセキュリティーをかいくぐるハイテク犯罪が当たり前の近未来。助手は天才プログラマーの小林少年にAIの「マリア」。大富豪・岩瀬庄兵衛から舞い込んだ依頼は誘拐予告された娘・早苗の身辺警護。明智に立ちはだかるのは、高価な宝石を巧妙な贋作とすりかえる手口で評判の謎の怪盗・黒蜥蜴。早苗をかくまうと名乗り出たホテルオーナー・緑川夫人こそ黒蜥蜴と見破り、誘拐を防ぐが、ホテル全体に仕掛けられたトリックに阻まれ、黒蜥蜴を取り逃がしてしまう。しかしその時、怪盗と名探偵は密かに恋に落ちていた。早苗を「人間椅子」のトリックで奪われながらも黒蜥蜴の逃げる潜水艦に忍び込み、追い詰めていく明智。ついに黒蜥蜴のコレクションが集められた鑑賞者のいない美術館で対峙する二人。そして、明智は黒蜥蜴の悲しい正体に気づく。謎が謎を呼び、禁断の恋にゆれながら、怪盗と名探偵は最後の対決を繰り広げる。勝者は果たして誰なのか。